Avignon Université est organisée en deux instituts se trouvant eux-mêmes sur deux campus :
Le campus Hannah Arendt, installé dans l’ancien hôpital Sainte-Marthe en cœur de ville, réunit :
- l’Institut Culture, Patrimoine et Sociétés Numériques;
- la bibliothèque universitaire Maurice Agulhon;
- le Pôle sportif & de recherche;
- et, à proximité directe, le site Chabran pour la formation continue.
Le campus Jean-Henri Fabre, installé sur le technopôle Agroparc, réunit :
- l’Institut Agrosciences, Environnement et Santé;
- le Centre d’enseignement et de recherche en informatique (CERI);
- l’Institut universitaire de technologie (IUT);
- la bibliothèque Agroparc.